Desde sus años de París, Falla se asoció con varios intelectuales y artistas católicos como Poulenc, Milhaud, Claudel, Roland-Manuel o el crítico Jean-Pierre Altermann, pero también tuvo contacto con lo ruso, es decir, lo comunista. De hecho, escribió una adaptación de la canción rusa Canto de los remeros del Volga en marzo de 1922 a instancias del diplomático Ricardo Baeza, quien estaba trabajando con la Sociedad de Naciones para proporcionar ayuda financiera a los más de dos millones de refugiados de Rusia que habían sido desplazados y encarcelados durante la Primera Guerra Mundial. Todas las regalías procedentes de la publicación de esa canción se donaron a este esfuerzo.
Con la llegada de la República en 1931, Falla apoya su reforma agraria, sus derechos laborales, la igualdad en educación… todo en beneficio de las clases inferiores. Pero su escepticismo sobre el pensamiento libre, lo que él definía como “la libertad individual sobre la obediencia a Dios”, le hace perder confianza. El 4 de mayo de 1931 escribe a su amigo, el crítico musical John B. Trend: «Realmente ha sido maravilloso el modo de efectuarse la revolución. Dios quiera que siga su marcha normal por el mismo sereno camino».
Pronto pudo comprobar Falla que ese camino se había torcido y no dudó en manifestar su consternación por el tratamiento que comenzó a recibir la Iglesia católica por parte del nuevo Gobierno republicano y de las masas populares, que arremetían contra las iglesias y los conventos. El 20 de mayo escribe a Trend: «Estos días, desde los recientes sucesos que conocerá usted por la prensa, cuentan entre los más amargos de mi vida». Llega a escribir incluso, junto con otros amigos granadinos, al presidente de la República, Alcalá Zamora (14 mayo 1931): «Grupos no numerosos han estado dos días cometiendo en la ciudad toda clase de sacrilegios, atropellos a domicilios religiosos e insultos a sus personas, sin eficaz intervención de las autoridades. A U[sted] respetuosamente, como representante supremo del poder, acudimos con nuestra información y nuestra indignada protesta».
A pesar de la rapidez con la que se evaporó el entusiasmo de Falla por la República, la derecha tampoco consiguió atraerle, como demuestra su rechazo a la “contrarrevolución conservadora” propuesta por Maeztu. Una vez estallada la Guerra civil (18 julio 1936), le aterroriza la represión llevada a cabo por los nacionales en Granada, sobre todo el asesinato de Federico García Lorca el 18 de agosto de 1936, por quien trató inútilmente de interceder ante las autoridades locales; su mediación resultó igualmente infructuosa en el caso de Rosario Fregenal Piñar, la ‘Fregenala’, que había sido modista de su hermana Carmen y que fue ejecutada por ser republicana en el mismo Barranco de Víznar. Pero también le deprime el asesinato de su más íntimo amigo, Leopoldo Matos Massieu, a manos de las milicias republicanas en Fuenterrabía el 4 de septiembre. Ante la inevitabilidad de los hechos, las relaciones de Falla con el nuevo régimen se fueron normalizando y se alegró de cualquier acontecimiento que permitiera vislumbrar el final de la guerra. Su mayor gesto a favor del bando nacional fue escribir un Himno marcial (1937), arreglo y adaptación del ‘Canto de los Almogávares’ de Los Pirineos de Pedrell, con un texto nuevo escrito por José María Pemán.
Pero una cosa es aceptar los hechos consumados o escribir un himno y otra muy distinta aceptar lo que publicó el ABC de Sevilla (7 octubre 1937) en su portada, donde bajo una fotografía de ambos califican a Pemán y a él como «Poeta y músico de la Cruzada», respectivamente. Cinco días después (12 octubre, pág.2.) el periódico catalán de izquierdas El Diluvio publica un artículo titulado ‘¿El maestro Falla con los facciosos?’, artículo repetido en el ABC de Madrid (15 octubre, pág.4). El periódico local de Granada, el Ideal (2 noviembre) responde: «No nos explicamos el asombro de El Diluvio. Creemos que el maestro Falla tiene bien probado su patriotismo para que se le pudiera ofender pensando que en esta ocasión podría inclinarse del lado de los rojos. ¿No recuerda El Diluvio sus memorables palabras cuando renunció a un homenaje que le preparaba la masonería queriendo captar su voluntad, allá por el año 1932?: ‘Yo no puedo aceptar homenajes cuando se le niegan a Dios’».
El malestar que todo este asunto produjo en Falla fue tal que se sintió obligado a replicar a dicha información en el mismo periódico Ideal (4 noviembre 1937): «Es ciertísimo que, antes como ahora, Dios ha estado y está para mi sobre todas las cosas, y que hube de declinar el homenaje (de todos modos inmerecido) […] aunque ni la intención ni la procedencia fueran precisamente las que se consignan en Ideal. Pero, lo repito, el hecho es exacto y volvería a producirse en toda ocasión que así lo exigiese».
En otras palabras, fue la lealtad a Dios y no a la derecha política lo que motivó la renuncia de Falla al homenaje de la izquierda en Sevilla. Una vez más afirma su convicción religiosa sin aliarse con los nacionales. Sin embargo, a comienzos de enero de 1938 el gobierno franquista le nombró por decreto (y sin saberlo el propio Falla) para la presidencia del Instituto de España, una entidad creada para dar credibilidad intelectual al Régimen y que representaba a diferentes academias. Falla alegó problemas de salud y pidió al Instituto que buscara a otra persona para esa misión.
Al final Falla dio a los nacionales lo que querían: una declaración pública de apoyo. Apareció en Spain, una revista en inglés publicada por los ‘Spanish Press Services’ en Londres (1 febrero 1938) con el título ‘My hope’: «Aunque no tengo que ver con política y cualquier guerra me causa un dolor intenso, saludo al Movimiento nacional con la esperanza de que no oigamos más blasfemias en nuestras calles, que no veamos nuestras iglesias y nuestros cementerios profanados y destruidos, nuestras bibliotecas saqueadas, nuestros tesoros artísticos, reunidos durante siglos, robados y a los ministros y servidores de Dios sujetos a martirio; todos estos actos han sido cometidos con el objetivo satánico de erradicar de la conciencia del hombre la esencia eterna de su origen divino. Esto es lo que siento y lo que digo en la convicción cristiana de que Dios es supremo y con la firme esperanza de que llegará el día en el que España y todas las naciones puedan disfrutar de la bendición de una paz verdadera y la justicia, igualdad y gracia de nuestro Señor».
Una declaración así provocó tanto rechazo como decepción en círculos republicanos. El compositor Enrique Casal Chapí, nieto de Ruperto Chapí, reaccionó con un artículo inmisericorde titulado ‘Música en la Guerra: Manuel de Falla’ y publicado en Hora de España nº XV (1938, pág.95): «Un discurso puede revelar a un hombre, pero puede también hundirlo. Y Manuel de Falla ha pronunciado uno de estos últimos. Un discurso oficial, con todas las agravantes que tal cosa supone, teniendo lugar entre los traidores y enemigos del pueblo español. Necesitan éstos que los dos o tres valores artísticos e intelectuales de España que, sea por lo que sea, se encuentran en su zona, les sirvan; tanto más cuando tan escasos son. Y Manuel de Falla ha caído en el lazo […] Para los que sabemos algo de la vida de Falla, esta posición suya nos puede aparecer como final de su perturbación mental o como resultado de un miedo tal vez subconsciente […] Seguiremos escuchando las Siete canciones populares y El amor brujo y el Concerto, porque nosotros hoy podemos prescindir de un automóvil como de otras tantas comodidades materiales, pero nos es imprescindible todo aquello que ha contribuido y contribuye a nuestra formación y vida espiritual; y la música que ha escrito Falla esta ahí comprendida. Pero su audición no podrá ser ya para nosotros solamente un goce estético. En la perfección y en el carácter de esa música estará siempre el índice de la posición, falsa cuando menos, que hoy toma quien la escribió».
A pesar de ese posicionamiento público del lado nacional, una vez terminada la guerra (6 julio 1939) el delegado de la Sociedad de Autores en Granada envió a Falla el obligado cuestionario de depuración que debía remitir en quince días a su central de Madrid, junto con dos avales firmados por dos personas de intachable afecto al régimen.
Sus médicos y sus amigos de Granada le animaron a aceptar la invitación argentina y el estallido de la Segunda Guerra Mundial (2 septiembre 1939) le terminó por convencer. Sobreponiéndose al terror de un viaje tan largo, aceptó la invitación para trasladarse a un país neutral en el nuevo conflicto mundial. El Régimen franquista, sin embargo, intentó forzar su regreso en varias ocasiones. No había llegado a Argentina, pues el barco había hecho escala en Río de Janeiro, cuando Falla recibió un telegrama del Gobierno español en el que se le comunicaba que en España le había sido concedida de manera vitalicia una pensión anual de 25.000 pesetas (unos 36.000 € actuales), «pagaderas a partir de su regreso a la patria». Al llegar a Buenos Aires, Falla escribió al ministro de Educación, Ibáñez Martín, agradeciéndole tan generosa iniciativa pero Falla, afortunadamente, no la necesitó. Al año siguiente (2 abril 1940) el ministro le hizo llegar un nombramiento como presidente honorario del Patronato Menéndez y Pelayo del Consejo Superior de Investigaciones Científicas. No consta que Falla lo rechazara, aunque ciertamente no llegó a ejercerlo. Sí aceptó la Gran Cruz de Alfonso X el Sabio que le otorgó el general Franco (13 julio 1940) pero al mismo tiempo enviaba dinero anónimamente desde Argentina a un campo de refugiados republicanos en Toulousse. Como siempre, intentaba ser apolítico en una situación en la que era muy difícil serlo.